Den tredje filmen, Men in Black, er en oppfølger til den berømte amerikanske komedien. Med de samme Tommy Lee Jones og Will Smith. Regissøren ble igjen overtatt av Barry Sonnenfeld, utøvende produsent bak Steven Spielberg. Filmen startet på kino 23. mai 2012.
Rollen til den negative helten denne gangen er tatt av Jemaine Clement, han spiller Boris. Dette er forbryteren som rømte fra Lunar-fengselet. Han brenner av hat mot agent Kay, som i juli 1969 fanget synderen og etterlot ham uten en arm. Da Kay plutselig finner ut at Boris flyktet, uttrykker han stor beklagelse over at han ikke under hans arrestasjon drepte ham. Etter det forsvinner agenten ganske enkelt, og bare hans partner Jay husker at han eksisterte. Resten av personalet i svart tror at Kay døde i en konfrontasjon med noen kriminelle i 1969.
Den eneste forklaringen på en slik reversering av virkeligheten er en endring i fortiden. Jay og Agent O bestemmer at Boris er involvert. Dette bekreftes av en annen begivenhet i kosmisk skala - invasjonen av jorden av Boris-løpet. I den tidligere virkeligheten var dette umulig, siden Kay installerte en beskyttelsesanordning på planeten kalt "ArkNet". Nå, i forbindelse med agentens død, for flere tiår siden, hadde ikke jorden noen barriere fra romfiender.
Jay oppdager at Boris ble sendt til fortiden av Jeffrey Price, en elektronikkforhandler som hadde en ulovlig tidsskifter i sitt arsenal. Agenten har ikke noe annet valg enn å reise tilbake i tid for å redde partneren sin. Og han blir umiddelbart arrestert av unge Kay. Under avhør forteller Jay ham alt, og den fremtidige partneren tror. Sammen finner de Arkanian Griffin, som har ArkNet. Nå fortsetter de tre med reisen og setter av sted for å installere beskyttelse på månen. Men på en rakett blir de arrestert av obersten. Nå blir han Jays hemmelige keeper.
Fra dette øyeblikket utvikler hendelsene seg raskt. Heltene møtes med to Boris og det oppstår en kamp. En kriminell fra fremtiden blir kastet i rakettakselen, og unge Boris blir sendt etter ham. Beskyttelse for jorden er etablert. Og nå ser det ut til at Jays oppdrag er fullført, men en ung kriminell som mirakuløst overlever dukker opp. Obersten dør, men Boris blir også ødelagt. Og nå vises en ny karakter i filmen. En gutt går ut av oberstens bil og begynner å lete etter faren. Agenten kjenner seg igjen. Jay kommer tilbake til sin tid og møter Kay på kafeen. Alt gikk tilbake.
