I januar 2006 ble International Security Assistance Force (ISAF) satt inn i Afghanistan for å hjelpe det amerikanske og britiske militæret i kampen mot den islamistiske paramilitære Taliban. Den amerikanske regjeringen beskyldte Taliban for å ha sjefen for al-Qaida, Osama bin Laden, og krevde hans utlevering. Taliban-ledelsen nektet å imøtekomme dette kravet og sa at USA ikke ga bevis for Osamas skyld i angrepene 9/11/2001.
Mot slutten av 2001 ble Talibans militære struktur praktisk talt ødelagt, og motstanden fra støttespillere tok form av en geriljabevegelse. Vestlige land har investert mye i utviklingen av demokrati og den sosiale strukturen i Afghanistan. I 2004 ble landets første presidentvalg vunnet av Hamid Karzai, en politiker som er lojal nok til Vesten. Motstanden til Taliban-tilhengere klarte imidlertid ikke å bli undertrykt. Geriljaene kjempet voldsomt til tross for den overveldende militære overlegenheten til ISAF.
Frankrike, som andre medlemmer av alliansen, led tap i utstyr og arbeidskraft. I løpet av de ti årene med krigen i Afghanistan ble 83 soldater drept og flere ganger såret. Beslutningen om å involvere Frankrike i den militære operasjonen var ikke veldig populær blant befolkningen, og rapporter om tap blant franske soldater økte misnøye med regjeringen.
20. januar 2012 skjøt en mann i en afghansk hæruniform i Kapisa-provinsen 4 og såret 16 franske soldater. Etter det sa Nicolas Sarkozy (fransk president fra 2007 til 2012) at siden den afghanske regjeringen ikke kan garantere sikkerheten til franske tropper, suspenderer Frankrike sin militære tilstedeværelse i det landet. Sarkozy lovet å trekke tilbake tropper fra Afghanistan innen begynnelsen av 2014.
I 2012 ble François Hollande valgt til president i Frankrike, som kunngjorde en ny plan om å trekke seg fra Afghanistan. 2000 soldater vil bli trukket tilbake innen utgangen av 2012, 1400 forblir som instruktører og for å vokte sosiale fasiliteter. Presidenten forklarte sin avgjørelse med at faren fra terrorister har avtatt, demokratiet har blitt sterkere, og landet må utvikle seg uavhengig. Sjefen for republikken lovet at Frankrike ville fortsette å støtte Afghanistan, men i en annen form.
